故事講述自從魔法作為技術被運用，大約過了一個世紀。2095年4月，司波達也與司波深雪進入了培養魔法師的國立魔法大學附屬第一高中，通稱“魔法科高校”，作為魔法師，達也卻有著致命缺陷，因此被認為是劣等生，而深雪是優等生，被譽為完美無缺的魔法師。 有時他們兩人會被誤認為是戀人，兩人關系很好，但在幾年前，兩人的關系就像女主人和傭人一樣冷淡，在那個關系變了的背景下，發生了某件事。故事發生在三年前的沖繩。對于深雪來說，由于無法忘記的事情，兩個人的心和命運發生了很大的變化...