“暗之書事件”的10年后，踏入19歲的高町奈葉、菲特·T·哈洛溫、八神疾風(fēng)三人，懷抱著彼此的友情牽絆、為了追求各自的夢想而加入時(shí)空管理局，并以一流魔導(dǎo)師的身分活躍。　　在此當(dāng)中，出現(xiàn)了新發(fā)現(xiàn)的太古遺產(chǎn)“圣遺晶石”，以及以此為目標(biāo)而出現(xiàn)的謎樣機(jī)械兵器“共鳴拓發(fā)者”。為了迅速對(duì)應(yīng)日后被稱為“圣遺晶石事件”的狀況，八神疾風(fēng)考慮到設(shè)置能夠迅速對(duì)應(yīng)的獨(dú)立部隊(duì)的必要性，設(shè)立了專責(zé)處理與太古遺產(chǎn)關(guān)連任務(wù)的特殊部隊(duì)——“機(jī)動(dòng)六課”……